برخی از معایب Mobile website

• نگهداری هر دو نسخه دسکتاپ و تلفن همراه نیاز به زمان و پول بیشتر از نگهداری یک وب سایت واحد دارد.
• وب سایت های موبایل معمولا با نسخه های دسک تاپ همخوانی ندارند، بنابراین کاربران باید یاد بگیرند که بین این دو سوئیچ شوند.
• اگر وب سایت تلفن همراه یک نسخه کوچک از دسکتاپ است، ممکن است همه نیازهای کاربر را برآورده نکند.
• دو URL برای یک صفحه (دسکتاپ و موبایل) ممکن است برخی از مشکلات SEO را برای هر دو نسخه ایجاد کند.